Zoals elke polder heeft de Noordoostpolder een stelsel van vaarten voor het beheer van het waterpeil en voor de scheepvaart. Met de aanleg van deze vaarten werd begonnen voordat de dijken klaar waren. De vaargeulen zijn gebaggerd en de vrijkomende grond is deels gebruikt voor de geplande dorpen.

Vanaf ongeveer 1943 zijn alle vaarten voorzien van een houten oeverbeschoeiing, vaak in de vorm van perkoenpaaltjes. De perkoenpaaltjes zijn alleen nog te zien in een deel van de Lemstervaart. In de jaren zestig werden de perkoenpaaltjes bijna overal in de polder vervangen door damwanden van beton. De vaarten waren in de beginjaren van de polder erg belangrijk als aanvoerroute van materialen voor de bouw van dorpen en boerderijen. Daarna zijn ze vooral gebruikt voor de afvoer van landbouwproducten als graan en suikerbieten. De afmetingen van de vaarten en sluizen zijn afgestemd op de Spits: een veel gebruikt scheepstype in de jaren dertig en veertig.

Er zijn drie hoofdvaarten in de Noordoostpolder. Ze lopen van een van de sluizen naar Emmeloord, het centrum van de polder:

1. de Lemstervaart is 16 kilometer lang en begint in Emmeloord, gaat via Bant en langs het Kuinderbos en eindigt bij de Friesesluis bij Lemmer;
2. de Zwolse Vaart is 15 kilometer lang en loopt vanaf Emmeloord via Marknesse, door het Voorsterbos naar de Voorstersluis;
3. de Urkervaart is 13 kilometer lang en loopt vanaf Emmeloord via Tollebeek naar de Urkersluis in Urk.

Zijvaarten verbinden de 10 dorpen in de Noordoostpolder met de hoofdvaarten. Bijna alle dorpen liggen aan het einde van een zijvaart en hebben een loswal. Alleen bij Tollebeek ligt een zwaaiplaats in de hoofdvaart, in de Urkervaart. Voor het keren van vrachtschepen in een zijvaart zijn zwaaiplaatsen aangelegd.

De Noordoostpolder heeft 17 zwaaiplaatsen. Een zwaaiplaats maakt het voor een schip mogelijk om te kunnen keren. De zijvaarten en daarmee de zwaaiplaatsen en loswallen waren tot midden jaren zestig vooral in gebruik voor de aan- en afvoer van bulkproducten als meststoffen, graan en suikerbieten. De meeste zwaaiplaatsen zijn verdwenen. In de loop der jaren hebben ze hun functie verloren omdat het vervoer van landbouwproducten door het wegtransport is overgenomen.

Loswallen zijn in eerste instantie aangelegd voor de aanvoer van bouwmaterialen. Vervolgens zijn ze vooral gebruikt door boeren die daar hun product konden storten in de aangemeerde schepen. In totaal zijn er meer dan 30 loswallen: ieder dorp heeft er één van 100 meter. De overige loswallen zijn korter (30 of 60 meter) en liggen verspreid in de polder. Die spreiding was nodig omdat elke boer op een afstand van maximaal 4 kilometer zijn landbouwproducten bij een loswal moest kunnen brengen. De loswallen worden nu gebruikt als steiger voor recreanten of als opslagplaats voor onderhoudsmaterialen.

Landbouwcoöperaties waren destijds verantwoordelijk voor het transport van producten als suikerbieten en graan. Vrachtschepen lagen aan de loswal klaar voor het ophalen van de oogst. De coöperaties hebben gezorgd voor een weegbrug en een overslagkraan of bietenbrug, vlakbij de loswal. De overslagkranen takelden netten met bieten van de boerenkar in het schip. Er zijn nog vier bietenbruggen in de Noordoostpolder: in Marknesse, Emmeloord, Kraggenbrug en bij Ramspol. Er zijn geen overslagkranen bewaard gebleven. De bietenbrug in Kraggenbrug krijgt waarschijnlijk een nieuw leven. In het dorp zijn initiatieven om die steiger samen met de directe omgeving, waaronder de loswal, op te knappen en in te richten als dorpsboulevard. De meeste weegbruggen zijn inmiddels verdwenen. Soms is de plek van een weegbrug nog te herkennen, maar vaak werd hij onderdeel van een park of bestrating. In Emmeloord, Luttelgeest en Kraggenburg zijn ze nog wel en de weegbrug in Kraggenburg is zelfs nog in gebruik. In Emmeloord staan nog twee van de oorspronkelijke weegbruggen bij de Nagelerweg en de Industrieweg (op het terrein van Agrifirm).