In de dijken van de Noordoostpolder ligt naast elk van de drie gemalen een sluis om de polder in en uit te kunnen varen. Het gaat om de Friese Sluis (naast gemaal Buma), de Voorstersluis (naast gemaal Smeenge) en de Urkersluis (naast gemaal Vissering). Door deze sluizen kan de scheepvaart een hoogteverschil overbruggen van tussen de 5 en 6 meter! Twee andere sluizen zijn de Marknessersluis en de Kadoelerkeersluis. Alle sluiscomplexen bestaan uit een combinatie van een schutsluis en een beweegbare brug.

De schutsluis naast het gemaalcomplex Buma bij Lemmer, tussen het IJsselmeer en de Lemstervaart, werd gebouwd in 1939-1941 in opdracht van de Dienst der Zuiderzeewerken. Aan de IJsselmeerkant van de sluis staan een bedieningsgebouwtje voor de sluiswachter en een schotbalkenloods. Daar staat ook een ijzeren constructie met stalen noodschuif, die in de jaren zeventig de schotbalken verving. De Friese Sluis is een Rijksmonument

De Voorstersluis ligt bij Kraggenburg, tussen het Kadoelermeer en de Zwolse Vaart. Deze sluis heeft samen met het gemaal Smeenge en het sluiswachtershuisje een monumentenstatus. De bouw ervan markeert het begin van de Noordoostpolder en de sluis behoort tot de oudste nog bestaande bouwwerken in de Noordoostpolder. De Voorstersluis is een Rijksmonument.

De Urkersluis werd na het droogvallen van de Noordoostpolder en het voltooien van de Urkervaart in 1942 in gebruik genomen. Deze schutsluis overbrugt een verschil in waterpeil tussen de polder en het IJsselmeer van 5,75 meter. De Urkersluis is een Rijksmonument.

De Marknessersluis is gebouwd in 1947 voor het overbruggen van het waterpeil tussen het oostelijk en westelijke deel van de polder. De schutsluis met bijbehorende brug over de Zwolse Vaart heeft een origineel bakstenen bedieningshuisje. Deze heeft een hoge cultuurhistorische waarde, maar is geen Rijksmonument.

Een speciale sluis is de Kadoelerkeersluis. Deze heeft geen sluiskolk om een verschil in waterniveau te overbruggen. Alleen bij zeer hoog water en storm gaan de deuren dicht om te voorkomen dat plaatsen als Vollenhove en Blokzijl (Overijssel) wateroverlast krijgen. De beweegbare brug van de Kadoelerkeersluis verbindt de Noordoostpolder met de Kop van Overijssel.

Op de kruisingen van wegen en de hoofdvaarten zijn in het oorspronkelijke ontwerp van de polder losstaande beweegbare bruggen aangelegd, waarvan drie in Emmeloord. De Tollebekerbrug over de Urkervaart uit 1956 is de enige nog bestaande losstaande beweegbare brug. Het bedienhuisje werd afgebroken nadat het is aangereden door een tractor.